The third season began on March 14, 2009 with the three-part premiere, Transwarped, and ended on May 23, 2009. This season following the events of Transwarped focused on the Autobots' attempt to reach Cybertron in order to warn the Autobot High Council of Shockwave, who has been masquerading as Autobot Intelligence Officer Longarm Prime. Meanwhile, Megatron, Starscream, Shockwave (who replaces Blitzwing as a main character), and Lugnut plan to use the colossal Autobot Omega Supreme for constructing clones of him (dubbed as Lugnut Supremes, as they appear similar to Lugnut).

故事发生在虫子的世界里，蜘蛛就是警察，一名侦探在最终抓住了他的宿敌后登上了飞往旧金山的水上飞机，但飞机上的一场谋杀将他卷入了一个威胁人类和虫子世界的阴谋中。

热爱音乐的米格尔（安东尼·冈萨雷兹 Anthony Gonzalez 配音）不幸地出生在一个视音乐为洪水猛兽的大家庭之中，一家人只盼着米格尔快快长大，好继承家里传承了数代的制鞋产业。一年一度的亡灵节即将来临，每逢这一天，去世的亲人们的魂魄便可凭借着摆在祭坛上的照片返回现世和生者团圆。　　在一场意外中，米格尔竟然穿越到了亡灵国度之中，在太阳升起之前，他必须得到一位亲人的祝福，否则就将会永远地留在这个世界里。米格尔决定去寻找已故的歌神德拉库斯（本杰明·布拉特 Benjamin Bratt 配音），因为他很有可能就是自己的祖父。途中，米格尔邂逅了落魄乐手埃克托（盖尔·加西亚·贝纳尔 Gael García Bernal 配音），也渐渐发现了德拉库斯隐藏已久的秘密。

本片是迪斯尼1950年动画《仙履奇缘》的衍生剧情，辛德瑞拉（Jennifer Hale 配音）与王子（Christopher Daniel Barnes 配音）渡完蜜月，开始她在皇宫中身为王妃的生活，一开始实在无法适应这样的新生活，但她努力的去适应这种全新的生活。另一方面，辛德瑞拉那群“小朋友”也很想念她，由于辛德瑞拉实在太忙了，没空跟大家玩在一起，吉安帕（Rob Paulsen 配音）甚至还去求神仙教母把他变成人类，他认为如此一来也许辛德瑞拉就会花较多的时间来陪陪他！最后无论是辛德瑞拉还是她的朋友，都发现即使最美好的梦想成真，一切都还是要保持真实的自我，这才是最快乐的生活！

当弗雷德不小心把家人出去旅游度假的钱弄丢的时候，他开始计划用他的头脑把钱再弄回来。他打算举办一场空前的摔跤赛事，并说服一直都是他最好的朋友BarneyRubble（KevinMichaelRichardson配音）成为职业摔跤选手，他甚至作为发起人邀请那些非常受欢迎的摔跤选手加入，包括JohnCenastone（约翰·塞纳配音）和TheUndertaker（马克·卡拉韦配音）。这场赛事引发了人群的沸腾，人们疯狂的从售票口涌入赛场，同时赛事的火爆也引起了世界摔角娱乐（WWE）总裁VinceMcMagma（文斯·麦克马宏配音）的目光。该片由许多WWE摔跤手和相关人员为其人物提供他们的声音。

故事讲述在赛博坦的战争中，正邪势力在寻找他们的能量之源火种源时发生了冲突。